Visi Keilmuan Program Magister Pendidikan Agama Islam Universitas Qomaruddin adalah “Menjadi Pusat Pengembangan Pendidikan Agama Islam yang Unggul dalam bidang Kajian Islam Ahlussunnah Wal Jamaah An-Nahdliyyah, Kewirausahaan, serta Berkarakter Pesantren Pada Tahun 2045″