Program Pascasarjana Universitas Qomaruddin Gresik adalah salah satu program master yang berada dibawah Fakultas Tarbiyah Universitas Qomaruddin Gresik. Program S2 Pendidikan Agama Islam didesain untuk mahasiswa yang professional. Tujuan dari penyelenggaran program pendidikan ini adalah untuk menghasilkan lulusan Magister pendidikan Islam yang profesional dan akuntabel melalui proses pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat yang berkualitas, menghasilkan produk pemikiran, teknologi, dan sumber belajar pendidikan Islam, melakukan reintegrasi keilmuan sesuai tradisi pesantren dan menghasilkan pemikiran, model, dan layanan pendidikan Agama Islam.